Początki kościoła pod wezwaniem Najświętszej Marii Panny sięgają połowy XIII wieku. Dokument fundacyjny, pozwalający dominikanom przybyłym z Polski na osiedlenie się w Elblągu wystawił w 1238 roku Mistrz Krajowy Zakonu Krzyżackiego Herman Balk. Budowę kościoła zaczęto po 1246 roku od wzniesienia prezbiterium, zakrystii oraz dwóch niewielkich aneksów przylegających do zakrystii od strony zachodniej.
W ostatniej ćwierci XIII wieku powstaje jednonawowy, czteroprzęsłowy korpus nawowy. Równocześnie wzniesiony zostaje krużganek klasztorny przylegający do budynku kościoła od strony północnej. Do ok. połowy XIV wieku wybudowano południową nawę kościoła, pierwotnie niższą, i nakrytą oddzielnym dachem. W 1504 roku kościół został zniszczony na skutek pożaru. Zniszczeniu uległy sklepienia, szczyty oraz wnętrze kościoła. Natychmiast po pożarze przystąpiono do odbudowy świątyni, podczas której podwyższono nawę południową przez co kościół uzyskał kształt dwunawowej hali. Obie nawy otrzymały sklepienie sieciowe i nakryte zostały wspólnym dachem. Dach kościoła ozdobiła okazała wieżyczka – sygnaturka, umieszczona przy szczycie wschodnim. Zasadniczy kształt budynku uzyskany w trakcie odbudowy na początku XVI wieku przetrwał do dzisiaj. Liczne naprawy i renowacje nie zmieniły kształtu budynku. Rozwój reformacji w Elblągu doprowadził do upadku klasztoru dominikanów. W 1542 roku ostatni dwaj zakonnicy przekazali klasztor i kościół Radzie Miejskiej. Tym samym kościół stał się pierwszą katolicką świątynią, która przeszła w ręce ewangelików. Od 1542 do 1945 roku kościół Mariacki pełnił rolę głównej świątyni protestanckiej w mieście. Z bogatego i cennego wyposażenia kościoła zachowała się cześć epitafiów i płyt nagrobnych. Większość uległa zniszczeniu w trakcie działań wojennych w 1945 roku i na skutek braku opieki nad obiektem w latach powojennych.
Do najcenniejszych przykładów dawnego wyposażenia należą; epitafium burgrabiego królewskiego Jana Jungschultza z 1631 roku, płyta inskrypcyjna ufundowana w 1647 roku przez Izaaka Spiringa na cześć króla Władysława IV, manierystyczna płyta nagrobna Hansa Grosa z 1600 roku, epitafium Martina Michaela z 1623 roku, czy też płyta nagrobna Bartłomieja Meienreisa i Jana Slocumbe oraz ich małżonek z 1621 roku.
W trakcie oblężenia miasta przez wojska radzieckie w lutym 1945 roku, kościół został poważnie uszkodzony pociskami i wypalony. Runęło sklepienie obu naw, co spowodowało zawalenie się szczytu od strony wschodniej i części zachodniego. Ocalały szczęśliwie: prezbiterium, zakrystia i krużganek wraz z dachami. Zburzone zostały również zachowane do tego czasu budynki klasztorne. Po wojnie kościół pozostawał, podobnie jak i całe Stare Miasto, w stanie ruiny. W 1959 roku zapadła decyzja o jego odbudowie lecz z powodu braku środków finansowych prace podjęto dopiero na początku lat sześćdziesiątych.