Oprócz kolekcji MMA, Centrum Sztuki Galeria EL posiada kolekcję obrazów, grafik i innych prac plastycznych, gromadzoną od  lat 80. do chwili obecnej. Na kolekcję składają się prace artystów związanych ze środowiskiem plastycznym Elbląga oraz tych, których dzieła mieliśmy w tym czasie okazję prezentować. Istotną część kolekcji stanowią wyjątkowe prace gromadzone przez lata przez założyciela Galerii EL – Gerarda Bluma Kwiatkowskiego, przekazane Galerii EL po jego śmierci w roku 2015 przez spadkobierców.

Wybrane prace ze zbiorów w Galerii EL są okazjonalnie prezentowane na wystawach.